Directeur adjoint de la Recherche au ministère de la Recherche (2001-2005), Michel Eddi devient en 2005 directeur général délégué de l’Inra, chargé de l’appui à la recherche. Il a été nommé président directeur général du Cirad (Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement) en mars 2013.
Son deuxième mandat en tant que P.D.G a pris fin en juin 2021.
Michel Eddi est diplômé de l'École nationale supérieure de chimie de Lille (1974) et de l'École nationale supérieure d'électrotechnique et de génie physique de l'Institut national polytechnique de Grenoble (1975) et docteur-ingénieur de l'université de Provence (Aix-Marseille-I) en 1980. Il est également ancien élève de l'Ena (promotion Michel de Montaigne, 1988).